金庸著名武侠小说《射雕英雄传》与《神雕侠侣》中并未出现当时一大派系——少林派。自古功夫出少林，显然在这两部小说中全真教的地位稍微重些。而少林寺真正被提及是在《倚天屠龙记》中，时值昆仑三圣何足道单人挑战少林高僧，未识得任何武功，但内力深厚的张君宝挺身而出，何足道尴尬而回。此时一位老僧交代了少林为何落寞百年的原因。

大约在70年前，差不多是《射雕》之前，少林寺中有一位火工头陀本在寺中烧火，却常受监管香积厨的和尚欺负，后来暗中偷学武功，二十年来便炼成上乘武功。在少林中秋比武大赛中，火工头陀将积累多年的怨气发泄出来，失手杀死了苦智禅师，少林高僧便因此件事情发生争执。“经此一役，少林寺的武学竟尔中衰数十年。”

所以多数人把少林的落寞推在了火工头陀身上，实际上真正导致少林落寞的是他——全真教创始人王重阳。全真教乃王重阳抗金失败而创，王重阳也仅仅传授弟子如何修道悟法，真正绝学并未传给他们。后来全真教逐渐做大，成吉思汗都主动接见丘处机，也就是说全真教得到了帝王的支持，全真教更是四处广收门徒，少林自然渐渐地淡出。

为何在《倚天屠龙记》中少林寺逐渐崛起，全真教却不见踪迹。这是因为明教的缘故，明教教主张无忌所学的九阳真经乃源于少林寺楞伽经，同时明朝开国皇帝朱元璋曾出家当过和尚，佛教也逐渐兴起，少林寺因此逐渐吸纳人才，又再度成为中原一大派。