念珠是念佛、持咒、诵经时用以收摄心意，消除妄念，专注精进的法器，同时又是记数的下具。唐朝飞锡以随息念佛为珠：“吾则以出入息为念珠焉，称佛名号，随之于息。

首先要选择合适的念珠，当然是选择自己喜欢和使用方使的念珠。可选挂珠，持珠或戴珠。不同质料的念珠，在持诵修行时所获功德不同。据《佛说校量数珠功德经》所载，不同材料的念珠差异如下：

质料功德倍数

铁五倍

赤铜十倍

珍珠、珊瑚百倍

木槵子千倍

莲子万倍

因陀罗怯义(青色宝石)百万倍

金刚子千万倍

水精(晶)万万倍

菩提子无量数

其次，修不同的法使用不同的念珠，在密宗修持中，据《金刚顶瑜珈念珠经》载：“佛部念诵菩提子，金刚部法金刚子，宝部念诵以诸宝，莲花部珠用莲子，羯磨部中为念珠，众珠间杂应贯串。”这是指唐密(也就是汉地密教，由唐朝开元年间善无畏、金刚智、不空三大十传来中土)中修法中分为五大部即佛部、金刚部、 莲花部、宝部、羯磨部，每一部有五大类真言，三密(身、口、意)修行方法有其仪轨，因此使有不同质量的念珠，所获功德也有差异：

质料功德倍数

砗磲一倍

木槵子二倍

铁三倍

熟铜四倍

水晶、珍珠、诸宝百倍

帝释子千倍

金刚子俱胝(十万)

莲子俱胝(万万)

菩提子无量数

在密法修练中，念珠在使用方法和贯串的方法也有不同。在密法四小悉地(即下品的四小成就法)修行中，有息灾、增益、怀爱、降伏四法中，所用念珠也不 同，如修息灾法用白色念珠，修增益法用黄色念珠，修怀爱法用红色念珠，修降伏法用绿色念珠。但这些法门须在上师灌顶后才可修行。菩提子念珠则修任何法都可通用。

再者，在唐密和藏密的修法中，均有加持念珠的真言，念诵经咒之前，诵加持念珠真言可获无量倍功德。如唐密加持念珠真言为“唵，毗庐遮那摩诃，莎诃”。密的修法中，藏密加持念珠真言为“嗡，惹渣若嘛呢，扎瓦达哑哄”。每使用念珠前诵加持念珠真言七遍。

拿念珠的方法是：将念珠展开，右手四指下托，念佛或持咒时，从母珠(最大的那一粒，也称佛头)旁的第一珠起，母指下掐，一句一珠，或一咒一珠，掐起到 母珠时，应即刻由左向内转过头来，再从母珠旁的第一珠掐起，千万不要跨越或直掐而过母珠。经云：“不应越母珠，蓦过越法罪。”“因绳线表观音，母珠表弥陀 也。”

另外，有些经典中对于掐珠的方法，也有不同的记载。《摄真实经》中对执持念珠的方法是这样：

佛部：应用右手母指与头指(食指)掐之；

金刚部：应用右手母指与无名指掐之；

莲花部：应用右手母指与四指掐之；

羯磨部：应用右手母指与四指掐之。

《苏悉地经》中的记载是只有胎藏界三部：

佛部：右手大指与无名指之头相合，中指与小指直立，头(食)指少屈，附于中指中节以掐之。

莲花部：合大指与中指之头，余指皆舒而掐之。

金刚部：合大指与食指之头，余指皆舒而掐之。

《军荼利仪轨》云：以右大指捻头指当心拨珠，余三指散直(这是佛部的说法印，亦名“持明印”，这里则为“念诵印”。左手引珠，右手持珠，如转**状。

《无量寿仪轨》云：二手当心，各聚五指，如末敷莲花，左手持念珠，以右手大指无名指移珠，诵至最后一字移一珠。

以上均为佛典所载，实际大都为唐密使用方法。唐密佛珠有两个佛头，表白度度他。唐密之所以以母指与四指掐珠居多，因唐密五指以小指起表地、水、火、 风、空，四指(即无名指)表水，唐密修行之真言种子，须借水浇灌之方得以发芽、生长。不过，现在大家都习惯了用《摄真实经》佛部和《苏悉地经》金刚部的方法。如果真的是发心修行的善男子和善女，还是以遵照经典记载的掐珠方法修持为好，因为功德究竟不同。

使用念珠的规定：

挂珠通常是指一百零八粒以上可以挂在颈项上的念珠。使用挂珠很有讲究，通常出家人之中，只有住持、长老、法会主持者及当家师才能挂珠子；或者出家受戒 十年以上的师父才可挂珠子。念珠的须子，如果是当家师，须子挂在右边；知客须子挂在左边；主持大和尚须广挂在背后，称为拖珠。在家居士是绝对不可以挂念珠的。念珠挂在颈上挂一圈；如果手上拿着一定要是两圈；如放在台案上，一定要放三圈，才合规矩。

念珠是修行的工具，念佛、持咒存乎一心。“静虑离妄念，持珠当心上”。佛珠的数量、构造和质料都只是助道的助缘，不可过于着相和执着：“相由心生，境由心转，心系诸佛，珠可助道”。